بنیاد حافظان وحی، به عنوان نهاد سیاست‌گذار و هدایت‌کننده‌ی مدرسه، با مأموریت شکل‌دهی به یک نظام آموزشی و تربیتی منسجم، بر اساس تعالیم قرآن و اهل‌بیت (ع) بنیان نهاده شده است. این بنیاد با رویکردی عمیق و نظام‌مند، سیاست‌های کلان و راهبردهای اصلی مدرسه را در راستای تحقق سبک زندگی خلاق دینی تدوین و اجرا می‌کند.
ما در مدارس حافظان‌وحی معتقدیم که مدرسه، تنها محل آموزش نیست، بلکه یک بستر زنده‌ی تربیتی است که در آن ایمان، علم، مهارت و خلاقیت به‌صورت هماهنگ رشد می‌کنند. از این رو، بنیاد در پنج دپارتمان اصلی ساختار مدرسه را هدایت و پشتیبانی می‌کند:
دپارتمان تربیتی: ایجاد محیطی امن و الهام‌بخش برای پرورش شخصیت و اخلاق
دپارتمان آموزشی: ارائه‌ی روش‌های یادگیری فعال، عمیق و لذت‌بخش
دپارتمان قرآنی: پیوند کودکان با قرآن به عنوان راهنمای سبک زندگی
دپارتمان خانواده: تقویت ارتباط و هم‌افزایی میان والدین و مدرسه
دپارتمان پشتیبانی: ایجاد زیرساخت‌های لازم برای تحقق اهداف آموزشی و تربیتی
بنیاد حافظان وحی، با نگاهی آینده‌نگر و عمیق، تلاش می‌کند که مدرسه نه‌تنها مأمنی برای آموزش، بلکه کانونی برای پرورش انسان‌های مؤمن، متعهد و خلاق باشد؛ نسلی که بتواند با ایمان و آگاهی، آینده‌ای روشن‌تر بسازد.
